Bilboko egungo Euskal Museoaren sorrera garai bateko espirituaren emaitza da. Garai horretan nabarmenak ziren iraganarekiko, historiarekiko eta tradizioarekiko gizarte sentsibilizazio eta interesa, izan ere, tradizioa eta historia baliagarriak ziren norbere existentzia eta nortasuna eta uneko errealitatea azaltzeko. Espiritu hori nabarmenagoa da eta objektu eta aztarna historikoak berreskuratu, artatu eta babesteko eta interes publiko orokorra aldezteko erakundeak sortu ziren.
Bizkaiko Monumentuen Batzordea garai hartako gizartearen kezka horiei erantzuteko erakunde aitzindaria izan zen. Estatuko beste leku batzuetan gertatu bezala, 1844ko Errege Aginduaren bidez sortu zen. Erakunde horren zeregina lekukotasuna ematea izan zen, 1908an berrantolatu zen arte; urte horretan erakundeko kideak sistematikoki hasi zirenean lanean, monumentu historikoen katalogoa eta Bizkaiko objektu historiko eta artistikoen inbentarioa lantzeko. Euren asmoa Arkeologia Museoa eratzea zen.
1914. urtean, Bilboko Udalak, beste eskabide bati erantzunez, baimena eman zuen Arkeologia Museorako berreskuratutako objektuak Entzutegiko patioan gordailatzeko eta 1917ko ekainaren 11n, Ramón de la Sota jaunaren lehendakaritzapean eginiko osoko bilkuran, Bizkaiko Foru Aldundiak ondokoa erabaki zuen: “Etnografia Museoa sortzea Euskal Herriaren ezaugarriekin lotuta dauden eta berorren nortasuna integratzen duten objektu guztiak biltzeko”. Museoa zuzendu eta administratzeko Batza izendatu zen, eta eskumen zabalak izan zituen
Aldundiaren partaidetza izanik, 1917. urtearen amaieran Arkeologia Museoa sortzeko prozesuari eutsi zioten. Bi erakundeek erdibana finantzatuko zuten Museoa eta aurrekontu partidak esleitu zituzten, Udalak 1914an antzinako San Andres Ikastetxean lagatako lokala egokitzeko.
1918an ekin zioten Klaustroa gaitzeari eta 1919ko lehenengo hilabeteetan, lehendik bildutako materialak lekualdatzen eta instalatzen hasi ziren. Urte horretarako, Arkeologia Museoak hauexek lortu zituen: bildumak, Patronatuko Batza, aurrekontua, egoitza eta arduraduna.
Etnografia Museoak, berriz, Batza eta aurrekontua zituen, eta batzordeko kideek lan eskerga egin zuten herrialde osoan fondoak lortzeko; dena den, ez zuen lokal egokia, ezta arduraduna ere. Museoa Bizkaiko Institutuan jartzeko ahaleginak porrot egin zuen, baldintza egokiak betetzen ez zituelako. Azkenean, 1918an, Udalari eskatu zioten baimena Arkeologia Museorako berreskuratutako objektuak Entzutegiko patioan gordailatzeko. Behin baimena lortu eta gero, 1919ko otsailean, Batzak lokalaren zaintze eta “mantentze” gastuen %50 ordaintzeko konpromisoa hartu zuen eta urte horretako apirilean fondoak eroatea erabaki zuten. Jesús de Larrea jaunak Arkeologia Museoko arduradun lanetan lortu zituen emaitzak ikusita, maiatzean bildumak lekualdatu, instalatu, bildu eta artatzeko ardura eman zioten behin-behinean.
Behin bi museoak antolatu eta gero, batzek bildumak lortzeari ekin zioten. Arkeologia Museoak Monumentuen Batzordeak katalogatu eta berreskuratutakoak bildu zituen; Etnografia Museoak, berriz, partikularren bildumak bildu zituen. Jesús de Larrea jaunari agindu zitzaion bildumak diseinatu eta muntatzeko.
Bi urtez lan egin eta gero, 1921eko udan, uztailaren 3an hain zuzen ere, bi museoak inauguratu ziren, eremu eta arduradun berbera izan arren, bi museoetako titularitateak desberdinak ziren; izatez, Arkeologia Museoa Aldundi eta Udalarena zen eta Etnografikoa, ordea, Aldundiarena bakarrik.
1923an, bi museoak fusionatu eta Bizkaiko Arkeologia eta Euskal Etnografia Museoa eratu zen, Aldundiaren eta Udalaren menpean; Patronatuko Batza bakarra osatu zen, bi korporazioetako kideez osatua, gaur egun osatuta dagoen bezala.