Euskal Museoa Bilboko Alde Zaharrean dago. Eraikina XVII. mendekoa da eta Eliza eta Aita Jesuiten Ikastetxea kokatzeko eraiki zen, San Andres Ikastetxea izenpean.
Ikastetxe hori eta eliza (egungo Joan Santuen plazako parrokia) jesuitek hiribilduan eginiko lehenengo fundazioa da, eta Domingo de Gorgolla Toledoko kardinalaren maiordomoak –bilbotarra berau- hala nahi zuelako eraiki zen. Horrez gainera, Antonia de Zamudio Martiartu y Guecho andreak, Ochoa de Urquizaren –Sevillako Kontratazioko kontu-hartzaile eta epailea- alargunak, bere eta senarraren ondasun guztiak laga zizkion 1630ean. Monumentuok XVII. mendea oso aurreratuta zegoenean amaitu ziren, baina, dirudienez, obrarik gehiena 1610etik 1630ra bitartean egin zen. Eliza albo batera utzita, ikastetxeko bulegoak Klaustroaren inguruan egituratu ziren, ikastetxeetako instalazio moduan erabiltzeko. Lau hormartek osatutako klaustro hori elementu soila eta urria da. Hormarte horietatik bi bost tartekoak dira, eta beste biak seikoak ordea; zutabeek eta hiru solairuk sostengatutako puntu erdiko arkuak ditu.
Eliza berrian kokatu zirenean, jesuitek latin eta kristau-ikasbideko lehenengo katedrak sortu zituzten ikastetxean; pixkanaka-pixkanaka katedra gehiago sortu zituzten, eta 1764-65 ikasturtean, Teologia, Moral, Logika, Metafisika, Fisika, Latin eta Gramatikakoak eskaini ziren.
1767an, Karlos III.aren aginduz kanporatu zituzten jesuitak Espainiatik, eta euren ondasunak Koroaren eskura igaro ziren. Erregeak 1769an emandako aginduz, eta Bilboko Udalak -Hiribilduko parroki elizen jabea zenez- eskatuta, Joan Santuen Parrokia –Atxurin zegoen oso egoera txarrean- Ikastetxeko elizara eroatea baimendu zen, eta halaxe egin zen 1770. urtean. Dena den, okupazioa baino lehen, beharrezkoa izan zen Ikastetxeko bulegoetatik bereiztea murruaren bidez, bi eraikinen arteko komunikazioak eteteko eta eliza klaustrorik gabe geratu zen.
Aldi berean, eta 1769ko Errege Aginduaren bidez, Jesuiten Ikastetxeko zati bat Lehenengo Letra, Latin eta Erretorika Eskola instalatzeko erabili zen; bertan, irakasle eta ikasleentzako ikasgelak eta logelak ipini ziren.
Egungo Museoko eraikina eta atzealdeko lurrak eta lorategiak Erruki Etxearen esku egon ziren ehun urtean, eta txiroak, gaixoak, elbarriak eta umezurtzak zaindu, babestu eta trebatu zituzten bertan. Trebatu ere, zenbait ofiziotan (ogia egitea, artilea irutea, kalamu ehunak lantzea eta abar) trebatu zituzten, esaterako, eltzegintzan; horri esker, toska arrunt eta fina ekoizteko fabrika sortu zuten, eta produkzio horren ale nabarmen batzuk gorde dira Museoan.
1872an, Erruki Etxea hustean, antzinako ikastetxeko eraikin nagusia zenbait erakunde publikotako egoitza bilakatu zen. 1879an Arte eta Lanbide Eskola sortu eta bertan instalatu zen, non 1910-11 ikasturtera arte egon baizen.
Aldi horretan, Arte eta Lanbide Eskola eta Bizkaiko Probintzi Entzutegia leku berean egon ziren; entzutegi hori 1883an inauguratu zuten Bilbon, eta María Muñoz Kaleko behealdea bete zuen, baina geroago eraikin osoa okupatu zuen; bertan izan zituen egoitza eta zerbitzu guztiak, harik eta Abandoko Justizia Jauregi berria eraiki arte.
1914an, Bilboko Udalak Klaustroa lagatzea baimendu zuen lehendik proiektatutako Bizkaiko Arkeologi Museoa instalatzeko. Ordudanik, Museoa San Andres Ikastetxea izandako eraikina berreskuratzen hasi zen.
