Hasiera-hasieratik, museoan oso leku txikia zegoen bildumak erakusteko, beraz, Jesús de Larrea museoko arduradunak 1922tik 1925era arte askotan eskatu zuen Museoko lokalak zabaltzeko.
Dena den, oso garai oparoa izan zen bildumen eratzeari dagokionez. Garai hartan, Museoko bilduma nagusiak hasi eta zirriborratu ziren, alegia: nekazaritza, arrantza, artzaintza, olagintza, baserria, jantzigintza, zeramika eta abar. Museoa ospetsu izaten hasi zen gure herrialdean eta estatu osoan.
Edu bertsuan, esan daiteke garai hartan (1925-1929), Museoak oso harreman estuak zituela nazioarteko kidego zientifikoko kide ospetsu askorekin, azken hauek Museoko bildumak ezagutu eta aztertzeko gogoa baitzuten. Zientzialari horien artean ondokoak aipa daitezke: Eugenyusz Frankowski, l’Abbé Henri Breuil, Hugo Obermaier, Martín Almagro Bash, Luis de Hoyos Sainz, Angel Apraiz... , eta Telesforo de Aranzadi, José Miguel de Barandiarán eta Enrique de Eguren, arkeologi materialen ikerkuntzako ohiko lankideak.
Baldintza horietan hasi zen 1936ko Gerra, eta haren ondorio politikoak, Museoari dagokionez, garbiketa espedientea zabaldu zioten arduradunari eta erakundeko lankide ordainezin bihurtu ziren ikertzaileek erbestera joan behar izan zuten, beraz, bildumen eskuraketa eta ikerketa bertan behera geratu ziren berehala. Gerrak eragin tamalgarria izan zuen Museoko etnografi bildumetan, batetik bestera ibili baitziren, eta denak ez baitziren egoera onean itzuli
1956an, Mario Grande Ramos jauna izendatu zuten Museoko zuzendari. Karguaz jabetu zenetik, Bizkaiko indusketak bultzatu eta horietan parte hartu zuen, José Miguel de Barandiarán aitaren lankidetzaz eta horrez geroztik, arkeologo berriekin aritu zen lankidetzan, esaterako, Juan Mª Apellaniz eta Ernesto Nolte jaunekin. Era berean, 1958an, Aldundiak Arkeologi Ikerketen Probintzi Zerbitzua sortu zuen eta; zerbitzu horrek, Museoko zuzeneko ardurapean gelditu zen.
Etapa honetan, nabarmen gutxitu ziren fondo sarrerak; gainera, fondoen izaera historikoa lehenetsi eta fondo bilketa Bizkaiko lurralde historikora mugatu zen.
Espiritu hori Museoari 1967an emandako izen berrian txertatu zen, alegia: Bizkaiko Museo Historikoa baina Patronatuko Batzordeko kide batzuek ez zuten ondo hartu erabaki hori.
1967rako Museoak ondare aberatsa zuen, baina Museoko Klaustroak ez zuen leku nahikorik fondo guztiak hartzeko. Erakunde babesleek, Aldundiek eta Udalek Museo handiagoa eraikitzea erabaki zuten 1965ean eta eraikina berriztatzeko lanak zati berdinetan ordainduko zituztela adierazi zuten. Lanak 1968an hasi ziren.
Aldi berean, erakusketen itxura eta konfigurazioa aldatzeko planteamendua egin zen eta 1968an plan berria martxan jarri zen eta lehenengo fruituak Museoko egoitza berria inauguratu zenean ikusi ziren (1970eko urriaren 3an). Klaustroa berriro aurkeztu zen espazio ireki moduan eta egoitza berriak eraikinaren goiko hiru solairuak hartu zituen.
1980an, Korporazio demokratiko berriak ezarri zirenean, berriro aztertu eta definitu ziren Museoaren helburuak, eta argi eta garbi geratu zen zeintzuk izango ziren helburu horiek Karmele Goñi Auzmendi zuzendari izendatu zutenean. 1997an Amaia Basterretxea Moreno doktoreak hartu zuen haren lekua.
Etapa berri honetan hainbat urrats egin ziren, hala nola, elebitasuna ezarri eta Museoaren izena aldatu zen (1981n):'Euskal Arkeologia Etnografia eta Kondaira Museoa / Museo Arqueológico, Etnográfico e Histórico Vasco'. Bestalde, Museoa Sekzio edo Sailetan antolatu zen, baliabideak eta bildumen kudeaketa optimizatzeko.
Materialak 2009ko apirilaren 2an inauguratutako Bizkaiko Arkeologia Museora eramatearen ondorioz, Museoko bildumak -hasieran Arkeologia, Etnografia eta Historia- Etnografia eta Historia Sailei atxikirik daude, eta fondo bilketa euskal lurralde osora zabaldu zen, muga politiko eta administratiboez gaindiko kontzeptu kulturala zela ulertzen baitzen. Politika horrek nabarmen handitu du Museoko ondarea; nolanahi ere, politika horrekin batera, ikerketa eta azterketa etnografikoak ere egin dira.
2009an, Euskal Museoaren erakunde babesleek Euskal Museorako Plan Museologiko berria egiteko deialdia onartu zuten, lehiaketa publiko bidez. Modu horretan, Museoa birdefinituko da eta lurraldeko zein Autonomia Erkidegoko eskaintza museistikoa osatuko da. Espero dugu dagoeneko eginda dagoen Plan berria etorkizun hurbilean aplikatuko dela.
