El nacimiento del actual Museo Vasco de Bilbao es fruto del carácter y el espíritu general de una época caracterizada por el interés y la sensibilidad social hacia el pasado, la historia y la tradición. Este espíritu dio como resultado la creación de instituciones encargadas de recuperar, conservar y proteger los objetos y testimonios históricos y artísticos en defensa del interés público general.
La Comisión de Monumentos de Vizcaya será la Institución que, de manera pionera, canalizará y dará respuesta a estas inquietudes de la sociedad de la época. Creada, al igual que las del resto del Estado, por Real Orden de 1844, su papel fue meramente testimonial hasta su reorganización en el año 1908, momento en el que sus miembros comenzaron a trabajar sistemáticamente en la elaboración de un catálogo de monumentos históricos y de un inventario de los objetos histórico-artísticos del solar vizcaíno que pudieran reunirse para la formación de un Museo Arqueológico.
En el año 1914, el Ayuntamiento de Bilbao concede permiso para depositar en el patio del edificio que ocupaba la Audiencia los objetos recuperados para el Museo Arqueológico que se pretendía crear, y el 11 de Junio de 1917 en sesión plenaria de la Diputación de Bizkaia celebrada bajo la Presidencia del Sr. de la Sota, se acuerda “la creación de un Museo Etnográfico con el fin de recoger cuantos objetos tengan relación con las características del Pueblo Vasco e integren su personalidad”, y se nombra una Junta con amplios poderes para dirigir y administrar el Museo.
A finales de ese mismo año de 1917, ahora ya con la participación de la Diputación, se retoma el proyecto de creación del Museo Arqueológico. El Museo será sostenido a partes iguales por las dos Instituciones, contando ya con partidas presupuestarias asignadas para las obras de habilitación del local que en 1914 cediera el Ayuntamiento en el Claustro del antiguo Colegio de San Andrés.
Comienzan en 1918 estas obras de habilitación del Claustro, y en los primeros meses de 1919 se inicia el traslado e instalación de los materiales recolectados hasta la fecha. En ese momento el Museo Arqueológico cuenta ya con colecciones, Junta de Patronato, presupuestos, sede y encargado.
El Museo Etnográfico, por su parte, dotado de Junta y presupuestos y protagonizando los miembros de su Comisión una ingente e inestimable captación y recolección de fondos por todo el territorio, adolece en cambio de locales adecuados y personal responsable. Tras una tentativa de ubicar el Museo en dependencias del Instituto Vizcaíno, se optó finalmente por solicitar del Ayuntamiento, en noviembre de 1918, autorización para ocupar parte del local que con destino a Museo Arqueológico se trataba de habilitar en el Claustro de la Audiencia. Obtenida la autorización municipal en Febrero de 1919 con el compromiso de la Junta de contribuir al 50% en los gastos que originase la conservación y “entretenimiento” del local, en Abril de ese mismo año se decide el traslado de los fondos y en Mayo se acuerda nombrar, con carácter interino, responsable del traslado, instalación, recogida y conservación de las colecciones, a D. Jesús de Larrea, a la vista de los excelentes informes recabados sobre su actuación como Encargado del Arqueológico.
Organizados finalmente ambos Museos, se multiplican los esfuerzos de sus respectivas Juntas para la adquisición de colecciones, recabando el Arqueológico los catalogados y recuperados por la Comisión de Monumentos y nutriéndose el Etnográfico fundamentalmente de adquisiciones a particulares. El diseño y montaje de estas colecciones fue encargado a D. Jesús de Larrea.
Tras dos años de trabajo, el 3 de julio de 1921 fue testigo de la inauguración de ambos Museos que si bien ocupaban el mismo espacio físico y compartían la figura del Encargado, mantenían diferente titularidad: el Arqueológico dependía de Diputación y Ayuntamiento y el Etnográfico exclusivamente de la Diputación.
En el año 1923 se produce la fusión de los hasta ahora dos Museos, constituyéndose uno solo, el Museo Arqueológico de Vizcaya y Etnográfico Vasco, dependiente de la Diputación y el Ayuntamiento y con una única Junta de Patronato, integrada por representantes de ambas Corporaciones, tal y como se configura actualmente.