La historia de las colecciones del Museo se inicia entre los años 1917 y 1921, el período que media entre la creación y la inauguración del centro, y responde a un objetivo básico: la puesta en funcionamiento del Museo y sus exposiciones.

Entre los ingresos registrados en este período se encuentran una buena parte de las obras catalogadas por la Comisión de Monumentos de Vizcaya desde que iniciara su actividad en 1908, piezas mayoritariamente de carácter arquitectónico y escultórico, tales como escudos, dinteles, tímpanos, capiteles, tallas, retablos, ciborios, laudas, sarcófagos… A ellas se unieron rápidamente un buen número de objetos de carácter etnográfico que supusieron el inicio de la mayoría de las colecciones actuales: prendas de indumentaria y ajuar doméstico, muebles, aperos, enseres domésticos, redes y aparejos de pesca, aperos de labranza, útiles pastoriles, herramientas de zapatería y tonelería, instrumental textil, armas, herramientas de juegos y deportes, argizaiolak y sudarios…

La mayor parte de aquellos objetos fueron producto de adquisiciones, resultado de la inversión realizada por las Instituciones patrocinadoras para la instalación del Museo. En su mayoría procedían del territorio de Bizkaia, aunque no faltaron los ingresos con origen en Alava y Gipuzkoa, siendo además curiosamente los cuatro primeros objetos registrados en el Museo originarios del navarro Valle del Baztán.

Pasada la inauguración, y aunque se observa un descenso en el ritmo de los ingresos, continúan incrementándose los fondos de las colecciones iniciadas y, progresivamente, van creándose otras nuevas: Guerras Carlistas y Civil, Cerámica, Numismática, Instrumental de Ferrería, Grabados, Carteles y Planos, Farmacia, Artes Plásticas… Durante estos años comienza, sin embargo, a ser cada vez más importante el número de objetos que ingresan por donación de particulares o entidades, destacando de manera excepcional los legados de D. Laureano Jado y Ventades y de D. Alberto Palacio Olabarria, mayoritariamente formados por magníficas piezas representativas de las artes decorativas internacionales.

En los años sesenta y setenta destaca el enriquecimiento de la colección de pelota, merced a las donaciones de D. Domingo Altube, que aportó variadas herramientas y una magnífica serie de imágenes fotográficas, y de la colección de Farmacia, gracias a la donación de todo el botamen perteneciente a la antigua Farmacia Pinedo de Bilbao. En estrecha relación con el montaje de las exposiciones del entonces recién ampliado Museo, cabe mencionar también el depósito de los fondos del Consulado de Bilbao, a iniciativa del presidente de la Junta Don Domingo Guzmán, y el ingreso de un gran número de objetos, moldes y modelos procedentes de la Fundición Santa Ana de Bolueta, empresa precursora de la siderurgia vizcaína.

A partir de 1980 se produce un cambio sustancial en la vida del Museo y sus colecciones, instaurándose una política de adquisiciones que continua vigente hoy en día. El primer dato que llama la atención es el considerable aumento de los ingresos de fondos que, con picos en uno u otro sentido, pasa a situarse en una media anual de 500 registros. Por otra parte, se retoma el principio que animó la filosofía de creación del Museo, extendiéndose a toda Euskal Herria el ámbito de procedencia de las colecciones e incorporando, por tanto, objetos procedentes del País Vasco francés, que hasta la fecha no habían tenido su representación entre los fondos del Museo.

Así mismo, se regulariza y hace habitual la adquisición de fondos en almonedas y anticuarios, se inicia una labor de investigación y trabajo de campo en el terreno etnográfico, usualmente acompañada de ingresos de materiales, se recogen casas, caseríos y talleres completos, generalmente merced a la generosidad de sus propietarios, y se avanza en la cronología de los objetos a incorporar a la colección, ampliándola hasta los años 1960-70, en respuesta al cada vez más acelerado ritmo de evolución de los tiempos, que convierte en obsoletos objetos con apenas años de vida.

Las colecciones antiguas se beneficiarán de esta situación, recibiendo un gran impulso y serán, quizás, las dedicadas a los Oficios y Artesanías y las colecciones gráficas y fotográficas de la Institución las que registren un mayor incremento, valorándose en estas últimas su carácter documental, su condición de fuente de información que completa e ilustra los testimonios materiales que de la Cultura Vasca custodia el Museo.

Los esfuerzos institucionales y las generosas aportaciones de los ciudadanos durante estos casi cien años de historia han dado como resultado un patrimonio que, en su conjunto, supera los 20.000 objetos, que ilustra y refleja los distintos aspectos que conformaron la vida y el quehacer cotidiano de nuestros antepasados y que continua abierto y en crecimiento.